軸流泵的運行包括充水、啟動、運行和停止，軸流泵與離心泵相比較，兩者在結構上有不同之處，軸流泵有其特殊的地方。
中、小型軸流泵特別是臥式軸流泵或小型立式軸流泵，大多是安裝在高于水面的位置，所以，它在啟動前，泵殼和吸入喇叭口必須先充滿水。同樣，在有空氣存在的情況下，泵內和吸入管就無法形成真空。這種情況下，一般都另設一臺到幾臺電動真空泵，利用它們將泵殼和吸入喇叭口內的空氣抽出，形成真空，進而達到充水的目的。大型立式軸流泵，一般都安裝在低于水面的位置，所以泵殼、葉輪和吸入喇叭口均浸沒在液體中，無需在起動前專門對它先充滿水，因此，不設抽氣裝置，便能迅速啟動，這也是軸流泵的特點之一，對于實現自動程序啟動是個有利的條件。
廣東水泵廠家軸流泵的啟動操作順序和方法基本上與離心泵的相同。但是，需指出的是，各種類型的離心泵的啟動，它的出口閥門均是關閉的，而軸流泵的出口閥門則應是開啟啟動的，這是因為，軸流泵在流量等于零時，其功率大于額定功率的2倍或2倍以上；同時，也將加劇汽蝕的產生，這是由于液流入口角相對葉片的偏離角增大，引起脫流現象，只有在大于最高效率點的60%以上時這種現象才能消失。
